Een belangrijk uitgangspunt van de regeling belastingrente is dat belastingplichtigen bij tijdige en correcte aangifte niet met belastingrente worden geconfronteerd, omdat de aanslag in die gevallen op tijd kan worden vastgesteld. Een aantal aspecten van de regeling belastingrente is op dit moment echter niet in lijn met dit uitgangspunt, wat ongewenst is:
 Met ingang van het belastingjaar 2014 is de aangiftetermijn voor de inkomstenbelasting verschoven van 1 april naar 1 mei na afloop van het belastingjaar, maar de wijziging van deze termijn is voor de heffing van belastingrente niet geformaliseerd. Hierdoor kan het op dit moment
voorkomen dat belastingplichtigen die (tijdig) tussen 1 april en 1 mei na het belastingjaar aangifte doen toch belastingrente in rekening wordt gebracht. Ten aanzien van de inkomstenbelasting wordt geformaliseerd dat geen belastingrente in rekening wordt gebracht indien de aangifte wordt ingediend voor 1 mei en de aanslag conform die aangifte wordt vastgesteld. Deze wijziging gaat gelden voor belastingaanslagen die betrekking hebben op belastingtijdvakken die zijn aangevangen op of na 1 januari 2018.
 Voor de erfbelasting wordt bepaald dat degene die voor de eerste dag van de negende maand na het overlijden verzoekt om een voorlopige aanslag of aangifte erfbelasting doet, geen belastingrente in rekening wordt gebracht indien de (voorlopige) aanslag wordt vastgesteld
overeenkomstig het ingediende verzoek of de ingediende aangifte. Door deze termijn in te voeren, die aansluit bij de aanvang van de periode waarover belastingrente wordt berekend, wordt voorkomen dat ondanks dat tijdig een aangifte wordt gedaan er toch belastingrente in rekening wordt gebracht. Deze wijziging gaat gelden voor belastingaanslagen ter zake van overlijdens die op of na 1 januari 2019 plaatsvinden. Belangrijk hierbij is dat in de overgangsregeling is opgemerkt dat het beleid dat geen belastingrente wordt berekend over  belastingaanslagen ter zake van overlijden op of na 1 januari 2017, voor zover nodig wordt gehandhaafd. Dit beleid is in het leven geroepen gezien de achterstanden die de Belastingdienst heeft met betrekking tot het verwerken van de aangiften erfbelasting als gevolg van de problemen met de automatisering.
 Ondanks dat voor de vennootschapsbelasting de renteregeling net als voor de inkomstenbelasting en erfbelasting niet in lijn is met het bovengenoemde uitgangspunt – de aangiftetermijn voor de vennootschapsbelasting is immers vijf maanden na afloop van het belastingjaar, wordt dit in het huidige wetsvoorstel niet gerepareerd.